Xingqi Chen

Beijerforskare vid Beijerlaboratoriet för gen- och neuroforskning

Hur skiljer sig cancerceller från normala celler?


I den komplexa tumörmiljön som består av en lång rad celltyper, förändras cancercellens genetiska material. En viktig förändring är den epigenetiska, som innebär modifieringar av tumörcellens DNA som inte beror på mutationer. Vi utvecklar nya, revolutionerande metoder för att identifiera epigenetiska förändringar i enskilda tumörceller i olika delar av tumören och spårar hur förändringarna uppstår.

 


Illustrationen visar hur enskilda celler som befinner sig på olika platser i en tumör kan ha samma genuppsättning men genom epigenetiska förändringar används gener (on, off) på helt olika sätt.

Vetenskapliga artiklar

Joint single-cell DNA accessibility and protein epitope profiling reveals environmental regulation of epigenomic heterogeneity
Chen X, Litzenburger UM, Wei Y, Schep AN, LaGory EL, Choudhry H, Giaccia AJ, Greenleaf WJ, Chang HY., Nature Communications, 2018 Nov 2;9(1):4590. doi: 10.1038/s41467-018-07115-y. 

 ATAC-see reveals the accessible genome by transposase-mediated imaging and sequencing
Chen X, Shen Y, Draper W, Buenrostrol J D, Litzenburger U, Cho S W, Satpathy A, Carter A C, Ghosh R P, East-Seletsky A, Doudna J A, Greenleaf W J, Liphardt J T, Chang H Y, Nature Methods. 2016 Oct 17. doi: 10.1038/nmeth.4031.